En 2000, Manchester United compitió en la
primera Copa Mundial de Clubes de la FIFA celebrada en Brasil,
[65] y ganó la liga de nuevo en las temporadas 1999-2000 y 2000-01. Terminaron como subcampeones en la jornada 2001-02, y obtuvieron una vez más el título en la temporada 2002-03. Casi al término de la primera temporada, se fichó a
Rio Ferdinand (del Leeds United) por 29 millones GBP. Poco después, el club vendió a Beckham al Real Madrid por 25 millones GBP. Un año después, ganaron la FA Cup de 2003-04, al vencer a
Millwall 3–0 en la final disputada en el
Millennium Stadium en
Cardiff.
[66] Al inicio de la jornada 2004-05, el Manchester United contrató al jugador
Wayne Rooney (del Everton) por casi 26 millones GBP. En la temporada 2005-06, después de que el centrocampista
Roy Keane dejara el club para irse al
Celtic, el Manchester United no pudo calificar a la ronda de octavos de final de la Champions por primera vez en más de una década (tras perder contra el
Benfica), sin embargo logró asegurar un segundo puesto en la liga al derrotar a
Wigan Athletic por 4-0 en la final de la
Copa de la Liga de 2006. El equipo ganó también la Premier League en las temporadas 2006-07 y 2007-08; en esta última, el Man Utd y el Chelsea estaban empatados en la clasificación general de la liga, lo que indicaba que el campeón se adjudicaría la última jornada. Así, el 11 de mayo de 2008, el Manchester United se coronó campeón al derrotar al Wigan Athletic por 2-0 aprovechando el empate entre el Chelsea y Bolton Wanderers, que terminó 1-1. El 21 de mayo, el conjunto volvió a enfrentarse al Chelsea en la final de la Champions, quedando el marcador 1-1, con goles de
Cristiano Ronaldo y
Frank Lampard. De esta forma, la final se resolvió mediante los
penales, y el Manchester quedó como campeón por 6-5 (con los penaltis errados de
John Terry y
Nicolas Anelka por parte del Chelsea, y Cristiano Ronaldo por parte del Manchester United). Este encuentro se jugó en el
estadio Luzhnikí, en
Moscú y pasó a ser el segundo doblete del equipo en toda su historia (el primer doblete concerniente a los títulos de la liga y la FA Cup, y este segundo respecto a los títulos de la liga y la Football League). Por otra parte,
Ryan Giggs hizo un nuevo récord al hacer su aparición número 759 en el club durante el citado partido, con lo que sobrepasó el anterior récord establecido por Bobby Charlton.
[67] En diciembre de 2008, tras haber conquistado la Supercopa de Inglaterra al derrotar al
Portsmouth, el club ganó la
Copa Mundial de Clubes de la FIFA 2008 al derrotar a la
Liga de Quito por 1-0, y poco después obtuvo el título de la Football League (al vencer al Tottenham en la definición por penales) y su tercer título sucesivo en la Premier League (tras derrotar al Arsenal) y el 18 en su historia, igualando de esta forma el récord del Liverpool.
[68] [69] El 27 de mayo de 2009, el Manchester United jugó la final de la Champions, la cual perdió 2-0 frente al Barcelona, con goles de
Samuel Eto'o y
Leo Messi por parte del equipo español. Ese verano, Cristiano Ronaldo fue vendido al Real Madrid por una cifra récord de 80 millones GBP.
[70] En 2010, Manchester United venció al Aston Villa 2-1 en Wembley para retener la
Copa de la Liga de Inglaterra, su primera defensa exitosa de una copa.
[71] No obstante, fueron eliminados de la Champions en los cuartos de final por Bayern Múnich por la regla del
gol de visitante,
[72] y fueron subcampeones de la Premier League, al finalizar con un solo punto de diferencia por debajo del Chelsea.
[73] El 8 de agosto de 2010, Manchester United venció al Chelsea 3–1 para ganar así la Supercopa de Inglaterra.
En la temporada
2010-11 de la Premier League, Manchester obtuvo su 19° título al empatar con Blackburn Rovers el 14 de mayo de 2011 y lograr un total de 77 puntos al final del torneo, lo que lo posicionó en solitario como el equipo más ganador de Inglaterra en lo que a títulos de liga se refiere.
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